Het is drie weken geleden dat Secret Service-agent Ethan Burke is aangekomen in Wayward Pines in Idaho. In dit stadje wordt mensen verteld met wie ze moeten trouwen, waar ze komen te wonen en waar ze komen te werken. Hun kinderen wordt geleerd dat David Pilcher, de schepper van het stadje, god is. En niemand mag het stadje verlaten; een vraag stellen kan je zelfs het leven kosten. Maar Ethan Burke heeft ontdekt wat voor verbijsterend geheim zich bevindt achter het onder stroom staand hek waarmee het stadje omgeven is, een hek dat het beschermt tegen de verschrikkelijke wereld erachter. Een geheim waardoor de gehele bevolking is overgeleverd aan de grillen van de megalomane gek die hen in zijn macht heeft. Burke ziet het echter als zijn plicht om de inwoners van Wayward Pines te vertellen dat ze een leugen leven en dat zij de enige zijn van wat ooit het menselijk ras was. Maar als Pilcher erachter komt dat zijn dekmantel hem ontnomen is, neemt hij wraak door de stroom van het hek te halen en zijn Burke en de andere inwoners overgeleverd aan wat er zich buiten de hekken bevindt. Dat niet alleen, als de voorraden levensmiddelen eindig blijken te zijn, moeten ze hoe dan ook een manier verzinnen om te overleven .
