Kapitein James Cook, de grote ontdekkingsreiziger, werd op 14 februari 1779 op Hawaii door inboorlingen vermoord. Hij was toen 50 jaar en had al langer en verder gereisd dan enige zeevaarder voor hem. Op drie grote ontdekkingsreizen - de eerste twee op zoek naar een zuidelijk continent, de derde naar een noordwest-doorvaart - legde hij in totaal meer dan 250.000 kilometer af. Het geheime dagboek van Kapitein Cook is het verhaal van die derde expeditie zoals Cook het zelf verteld zou kunnen hebben. In tegenstelling tot zijn scheepsjournalen, waarin slechts de feiten werden geregistreerd, is dit een zeer persoonlijk en onthullend verslag van een man die tot het uiterste ging. Hammond Innes bezocht met zijn vrouw Dorothy in zijn eigen schip vele van de plaatsen die Cook ontdekte en raakte steeds meer gefascineerd door de journalen en de raadselachtige man die deze geschreven had. Uiteindelijk schreef hij dit boek, dat toont hoe Cook volgens hem geweest moet zijn.
Het is een boeiend reisverhaal, vol beschrijvingen van mensen, hun gebruiken, taal, godsdienst, levenswijze. Niets is verzonnen - alles is feitelijk zo geschied, alleen bij Cooks gedachten heeft Innes zich vrijheden veroorloofd. 'Maar het is met grote toewijding gedaan', zegt hij, 'en het is een oprechte poging de indruk die door de journalen is gewekt, te corrigeren. Cook was geen fantasieloze man en ook niet ongevoelig of onmenselijk. Ik heb geprobeerd dat in dit boek duidelijk te maken'.
