Juni 1463. Op familiebezoek in 's-Hertogenbosch verliest een onwettige priesterszoon zijdens een brand zijn moeder en daarmee zijn vertrouwen in God. Veertien jaar later keert hij terug naar die stad om een belofte in te lossen. De jongen doet een beroep op zijn neef Marten Greve, notaris en dienaar van een machtig college van geestelijken, maar ontvangt van hem weinig hulp. Ondertussen wordt hij verliefd op de dienstmeid van schilder Jheronimus Bosch en raakt hij betrokken bij een opstand tegen het stadsbestuur, dat hij verantwoordelijk houdt voor de ramp die zijn leven zo heeft veranderd.
Het valse Paradijs. Kroniek van een moordenaar speelt zich af in het laatmiddeleeuwse 's-Hertogenbosch. De kanunniken van Sint Jan bouwen een nieuwe kerk en Jheronimus Bosch schildert zijn eigenzinnige drieluiken. Tegen deze achtergrond bezoeken tal van hoogwaardigheidsbekleders de stad, waaronder keizer Maximiliaan van Oostenrijk en zijn echtgenote Maria van Bourgondië. De priesterszoon spreekt met hen in herbergen, bordelen, stadspaleizen, kloosters en in een mysterieuze tuin. Bijna alle personages en gebeurtenissen zijn gebaseerd op wetenschappelijke literatuur of archiefmateriaal.