Kotoko is ontroostbaar wanneer ze haar haar broer verliest, en ze is ervan overtuigd dat zijn dood haar schuld is. Dan hoort ze over een restaurant waar een maaltijd kan worden bereid ter herinnering aan een overleden geliefde. Als je de maaltijd eet, zou je even contact hebben met de overleden persoon. Kotoko heeft zo haar bedenkingen, maar ze zet haar scepsis opzij en neemt de trein vanuit Tokyo naar een klein havenstadje waar het restaurant, de Chibineko Kitchen, zich bevindt. Ze ontmoet de jonge chefkok Kai en huiskat Chibi. Als ze de maaltijd tot zich neemt, staat haar een helende ervaring te wachten, net als de andere bezoekers, die allemaal met hun eigen verhaal naar de Chibineko Kitchen zijn gekomen.
