Engeland, 1882. Op de huid van de zestienjarige Charlie Ovid is geen litteken te bekennen, ondanks zijn traumatische jeugd in Mississippi. Zijn lichaam geneest zichzelf razendsnel, of hij dat nu wil of niet. Marlowe, die te vondeling is gelegd in een goederenwagon, stoot een sinister blauw licht uit. Hij kan ervoor kiezen mensen te helen of te verwonden. Wanneer detective Alice Quicke de opdracht krijgt om deze twee kinderen in veiligheid te brengen, uit naam van het instituut waarvoor ze werkt, beginnen ze alle drie aan een ongelofelijk avontuur waarbij ze het rijk van de levenden en de doden ontdekken.
Eenmaal op reis stuit het drietal op een dreiging: Jacob Marber, een man gemaakt van rook, die de kinderen koste wat het kost in handen wil krijgen voor zijn eigen sinistere doeleinden. Er volgt een klopjacht vol wonder en verraad, via de gasverlichte straten van Londen en het Meiji-tijdperk in Tokyo, die eindigt bij het instituut Cairndale, een naargeestig landgoed buiten Edinburgh. Hier voegen Charlie en Marlowe zich bij andere kinderen met bijzondere gaven. Daar dreigt het rijk van de doden samen te smelten met dat van de levenden en al snel blijkt dat Jacob hen ook hier kan bereiken.
Zonder de hulp van Alice is het aan Marlowe, Charlie en de andere kinderen om de geschiedenis van het instituut te ontrafelen, hun talenten te ontdekken en er eens en voor altijd achter te komen wat de aard is van het kwaad dat hen achtervolgt.
