Diep in de Congolese jungle leidt de Amerikaanse militair Jonathan Yaeger een internationaal team van commando's. Ze hebben de opdracht om Akili te doden, een jongetje die de volgende stap in de menselijke evolutie blijkt te zijn. Maar Yaeger heeft zelf een ziek zoontje thuis, dat alleen gered kan worden door de Akili's grenzeloze kennis van alles op deze wereld. Yaeger raakt verstrikt in zijn persoonlijke drama en de ultieme strijd om de mensheid te redden.
